Un 25 de abril de 1775 nacía en Aranjuez, la primogénita del rey Carlos IV y María Luisa de Parma, Carlota Joaquina Teresa Cayetana de Borbón y Borbón. Siguiendo la política matrimonial de las casas reinantes de Europa, la casan con sólo 10 años con el príncipe Juan de Portugal, hijo de María I y Pedro III. Sus primeros años en su país de adopción fueron difíciles, se esperaba que tuviera descendencia, pero la infanta era de pequeña estatura y muy frágil. Así la retrató el gran pintor Mariano Salvador Maella, con la misma edad en la que contrae matrimonio.

Aunque estaba destinada a desempeñar un papel secundario en la Corte portuguesa, en 1788, al morir el heredero de la Corona, don José, príncipe de Beira, don Juan se convirtió en sucesor del trono y la princesa vio reforzada su posición. La pareja alcanzó máxima influencia con motivo de la enfermedad mental de la reina María. Don Juan asumió la responsabilidad del gobierno desde 1792 y fue nombrado oficialmente príncipe regente en 1799. La princesa tuvo entonces oportunidad de manifestar su ambición de poder, similar a la de su madre la reina María Luisa, tratando de influir en las decisiones de su esposo y de intervenir en los asuntos de gobierno. Tuvieron 9 hijos de su matrimonio.
Estas incursiones en la política desagradaban a la nobleza portuguesa y al mismo pueblo. Las desavenencias conyugales fueron motivo de interés. Cuando el Principe regente descubre un complot de su esposa para tomar el poder, en 1806, la expulsó del Palacio Real de Mafra y fue enviada bajo vigilancia al Palacio de Queluz, en las afueras de Lisboa.
Carlota era de carácter difícil, incluso violento. Las continuas desavenencias entre los esposos les llevaron a la separación que fue pública a partir de 1806. Pero cuando Portugal es ocupado por las tropas de Napoleón en 1807, la familia real marcha a América. Arribaron a Rio de Janeiro donde se instala la Corte. La Princesa Carlota siguió a su esposo, pero continuó conspirando contra él. La reina María, muere en 1816, y Juan hereda el trono como Juan VI el Clemente.
Entre 1808 y1812, Carlota pretendió reemplazar a su hermano Fernando VII como regente de España. Alegaba Carlota ser la única integrante de la familia real que no estaba presa de los franceses. Su cercanía al Virreinato del Rio de la Plata provocó que surgiera un partido, «los Carlotistas» a su favor en Buenos Aires , que querían utilizarla para conseguir la independencia del territorio del Rio de la Plata. Carlota aspiraba a asegurarse un trono para sí misma en América del Sur.
Contó con el apoyo del almirante Sidney Smith, comandante de la estación naval británica en el Atlántico Sur. Juan VI determinó que si su esposa era proclamada regente de España, él tendría derechos sobre el Virreinato del Rio de la Plata. Pero Buenos Aires no quería caer bajo dominio portugués. Tampoco Gran Bretaña deseaba una regente española en Buenos Aires, así intervino la diplomacia británica encabezada por Lord Strangford para desbaratar todos estos planes.
En 1820, Oporto exige la vuelta de la familia real portuguesa a la metrópoli. Asi Juan VI y Carlota Joaquina regresan, pero su hijo y heredero, Pedro de Braganza, se queda y decide en 1822 proclamar la independencia, asumiendo el trono como emperador, Pedro I de Brasil.
Es una etapa de la historia portuguesa convulsa. La Familia Real se halla dividida, mientras el rey Juan VI quiere pacificar el reino y mediar entre los dos bandos, absolutistas y liberales, buscando una reconciliación entre sus hijos, Pedro y Míguel, Carlota adoptó una actitud beligerante, respaldando a su hijo Miguel en contra de su padre, quien la manda encerrar en un convento durante varios años.
En 1825, siguiendo la línea sucesoria que favorecía al varón mayor de edad, Juan VI designa a su hijo Pedro al trono portugués, pero muere repentinamente en 1826, lo que suscita sospechas de envenenamiento- Los rumores acusan a su esposa Carlota y a su hijo Miguel. En 1828, al ser regente don Miguel, Carlota Joaquina abandona su reclusión, pero su hijo la mantuvo al margen del gobierno y poco después, en 1730 fallece de cáncer de útero en el Palacio de Queluz.
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