El siglo XIX fue muy duro para las iglesias de Madrid. La Guerra de la Independencia primero y la Desamortización después, causaron graves daños en conventos y parroquias. Vino a rematar la Gloriosa de 1868, con la justificación de modernizar Madrid, para crear plazas y espacios abiertos. Se derribaron San Juan, San Miguel, Santiago, que cambió su planta, también los conventos de San Jerónimo y San Martín, por citar sólo algunos.
Santa María la Mayor, es decir, Santa María de la Almudena, que había ido perdiendo protagonismo en la vida religiosa y social de la Villa , fue motivo de debate entre historiadores y cronistas, como Mesonero Romanos que hablaba de sacrificarla ante su abandono, incluso llegó a decir, » aunque pequeña y de ningun valor, es la más antigua de Madrid».
La necesidad de regular las calles de Bailén y Mayor, resolvió derribar Santa María de la Almudena. Se queria prolongar la calle Mayor hacia la Cuesta de la Vega y enlazar Bailén con el Viaducto que entonces se estaba construyendo. Santa María estaba ahogando la calle Mayor, era mejor tirarla y dar amplitud al trazado de la ciudad.
Hubo, por supuesto oposición del clero, del pueblo, se trataba de la iglesia de la patrona de Madrid, la más antigua, visigoda, luego mezquita, despues de nuevo cristianizada, convertida en iglesia de la Monarquía.. La Prensa se posicionó, pero la decisión estaba tomada.
Entre el 19 y 20 de octubre se firmó el acuerdo del derribo, siendo alcalde Nicolás María Rivero y el 25 del mismo mes se celebró la última misa. El 27 comenzó la demolición y se prolongo hasta el 4 de mayo de 1869. De todo su rico patrimonio se donó la verja de hierro y el techo de la capilla de los Monzones al Museo Arqueológico Nacional, por la marquesa Cayetana Morcuera. La Congregación de la Real Esclavitud perdió gran parte de sus bienes y la casa aneja a la iglesia, pero custodió los objetos que le quedaban y mantuvo la devoción a la Almudena aunque sin templo.

El derribo del templo fue doloroso por ser la iglesia matriz de la Villa, por su vinculación con la monarquia, por su importancia en las tradiciones religiosas. La imagen y el resto de bienes se trasladaron al vecino convento de las Bernardas del Santísimo Sacramento, colocadas en la bóveda y en otras habitaciones de las monjas.
En el solar dejado por la iglesia se construyeron bloques de edificios. Unos años después se inició la deseada catedral de Madrid, tras conseguir la diócesis de Madrid-Alcalá en 1885, ya independiente de Toledo, un anhelo desde época de Felipe II, cuando convirtió Madrid en capital de sus reinos.
La donación por parte de la corona de los antiguos terrenos de las caballerizas reales, ( un deseo de la joven reina consorte, María de las Mercedes, en sus escasos cinco meses como reina), permitió que se iniciara el proyecto del arquitecto Francisco de Cubas, continuado a su muerte por otros profesionales, aunque muy modificado, para darlo por terminado y consagrado en 1992 por el papa San Juan Pablo II.
Cuando se llevo a cabo la mejora y restuaracion de la calle Mayor, salieron a la luz, parte de los cimientos de la antigua iglesia de Santa Maria, la más importante de Madrid en época medieval.

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