Don Carlos tuvo una existencia trágica desde su nacimiento, fruto del matrimonio entre el príncipe Felipe y la princesa María Manuela de Portugal, primos hermanos por doble línea, ya que compartían los mismos abuelos. Nació en Valladolid, un 8 de julio de 1545, quince minutos después de la medianoche. Su madre, tras dos días de parto, falleció cuatro días después a los 17 años.

Desde muy joven, Don Carlos sufrió una salud precaria y un grave y continuado proceso febril, que contribuyó a su deterioro posterior. Estas enfermedades le provocaron cambios de humor injustificados y erráticos.

El comportamiento del príncipe generó dudas sobre su capacidad para heredar la corona. Debido a esto, se decidió aplazar su matrimonio. Una de las candidatas fue su prima, Ana de Austria, pero finalmente fue su padre, el rey Felipe II, quien se desposó con ella.

El 18 de enero de 1568, cuando Don Carlos tenía 23 años, Felipe II decidió privar de libertad a su primogénito. Esa noche, Don Carlos, tranquilo en sus aposentos, recibió la visita del duque de Lerma y Rodrigo de Mendoza, que lo entretuvieron mientras el rey, acompañado por su privado Ruy Gómez de Silva y Don Luis Quixada, entraba en las habitaciones.

Armados con martillos y clavos para bloquear puertas y condenar ventanas, entraron por la puerta del retrete con una llave maestra, sin que el príncipe se diera cuenta porque estaba conversando con los nobles. El rey le quitó la espada que tenía en la cabecera, y el duque de Feria se llevó el arcabuz que tenía bajo la almohada. Don Carlos increpó a su padre: «¿Qué quiere Vuestra Majestad? ¿Qué hora es ésta? ¿Quiéreme Vuestra Majestad matar o prender?»

Don Carlos fue trasladado a «La habitación de la Torre», situada en una de las atalayas del Alcázar, bajo la custodia del duque de Feria. El confinamiento no obtuvo el resultado esperado; lejos de recuperar la calma, Don Carlos manifestó una serie de desarreglos que probablemente eran habituales en su vida. Cometió todo tipo de excesos en prisión, alternando ayunos con ingestas excesivas, descalzo, durmiendo sin ropa. Finalmente, decidió dejar de comer y así pasaron 11 días, durante los cuales solo tomaba agua fría.

Don Carlos murió el 24 de julio de 1568 y fue enterrado en el monasterio de Santo Domingo el Real, en Madrid. Felipe II transmitió rápidamente la noticia a sus gobernadores y a otras cortes europeas, escribiendo al cardenal Granvela: «Ha sido Nuestro Señor servido de llevar para sí al príncipe mi hijo; de su muerte me queda la pena y dolor que podéis considerar…».