El primogénito del emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Maximiliano I y de María de Borgoña, con él entro los Habsburgo en España, al pactarse el matrimonio con Juana de Castilla, tercera hija de los Reyes Católicos. La pareja tuvo 6 hijos.  

El apelativo el Hermoso se lo dio el rey  francés Luis XII, cuando en 1501 viajando la pareja hacia Castilla, se detuvieron en Blois, allí el rey los recibió y al verle exclamo: » «He aquí un hermoso príncipe». Su muerte, acaecida en Burgos, en la famosa Casa del Cordón, fue tan súbita, que corrió el rumor de que su suegro, el rey Fernando, lo había envenenado. Según las crónicas, estaba Felipe el 16 de septiembre jugando a la pelota, cogió frio y al día siguiente le sobrevino malestar, con alta fiebre, escupiendo sangre. Murió en la madrugada del 24 al 25 de septiembre, tenia solo 28 años.

A su muerte, asumió la regencia del Reino de Castilla el Cardenal Cisneros a la espera del rey Fernando. Su primogénito, Carlos, se encontró con una herencia grandiosa de sus cuatro abuelos.