Fundada en 1591 como anejo dependiente de la parroquia de San Justo cuya feligresía había aumentado hasta alcanzar el limite sur de la ciudad.
Se edificó sobre la antigua ermita de San Millán Abad que dependía del Hospital de la Latina
En 1612 se reedifica a expensas de la parroquia de San Justo, se le agregó capilla mayor financiada por la Congregación del Cristo de las Injurias. En 1676 se construye el retablo mayor donde se colocó la imagen del Cristo, en su interior se custodiaban las cenizas del crucifijo profanado por unos judíos, era la imagen preferida del Tribunal del Santo Oficio para los autos de fe.
En 1720 el edificio ardió, siendo de nuevo reconstruida por Teodoro Ardemans, y se vuelve a inaugurar el 24 de septiembre de 1722.
Se convierte en parroquia independiente en 1805 y fue derribada en 1869 durante el Sexenio Revolucionario, trasladándose su parroquia a San Cayetano.
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